Chiều 22/10/2019, Cơ quan Điều tra hình sự Bộ Quốc phòng đã phối hợp với Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương thi hành Quyết định khởi tố bị can, Lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú đối với Đô đốc Nguyễn Văn Hiến, nguyên Thứ trưởng Bộ Quốc phòng, Tư lệnh Quân chủng Hải quân về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” theo Khoản 3 Điều 360 Bộ luật Hình sự năm 2015.

Trước đó, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc quyết định thi hành kỷ luật đối với ông Nguyễn Văn Hiến, nguyên Thứ trưởng Bộ Quốc phòng, nguyên Tư lệnh Quân chủng Hải quân bằng hình thức xóa tư cách nguyên Tư lệnh Quân chủng Hải quân đối với ông Nguyễn Văn Hiến, nguyên Thứ trưởng Bộ Quốc phòng, nguyên Tư lệnh Quân chủng Hải quân do đã có những vi phạm, khuyết điểm rất nghiêm trọng trong thời gian giữ chức vụ Tư lệnh Quân chủng Hải quân và Bộ Chính trị đã thi hành kỷ luật về Đảng.

Tại cuộc họp của Bộ Chính trị sáng 21/6/2019 do Tổng Bí thư, Chủ tịch nước Nguyễn Phú Trọng chủ trì, sau khi xem xét đề nghị của Ủy ban Kiểm tra Trung ương tại Tờ trình số 201-TTr/UBKTTW, ngày 7/6/2019 về đề nghị thi hành kỷ luật về đảng đối với Đô đốc Nguyễn Văn Hiến, nguyên Ủy viên Trung ương Đảng, nguyên Ủy viên Đảng ủy Quân sự Trung ương, nguyên Thứ trưởng Bộ Quốc phòng, nguyên Phó Bí thư Đảng ủy, nguyên Tư lệnh Quân chủng Hải Quân.

Bộ Chính trị nhận thấy, trong thời gian giữ cương vị Phó Bí thư Đảng ủy, Tư lệnh Quân chủng Hải quân, ông Nguyễn Văn Hiến chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng của Ban Thường vụ Đảng ủy Quân chủng Hải quân trong triển khai, tổ chức thực hiện Nghị quyết của Ban Thường vụ Đảng ủy trong công tác quản lý, sử dụng đất quốc phòng do Quân chủng Hải quân quản lý; chịu trách nhiệm chính về những vi phạm, khuyết điểm của Quân chủng Hải quân và trách nhiệm cá nhân về vi phạm, khuyết điểm: Thực hiện không đúng thẩm quyền, vi phạm các quy định pháp luật về quản lý, sử dụng đất đai, đầu tư xây dựng đối với 10 khu đất quốc phòng; vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ và Quy chế làm việc của Đảng ủy Quân chủng Hải quân, buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, thiếu trách nhiệm kiểm tra, giám sát trong công tác quản lý, sử dụng các khu đất quốc phòng. 

Căn cứ Quy định số 102-QĐ/TW, ngày 15/11/2017 của Bộ Chính trị khóa XII về xử lý kỷ luật đảng viên vi phạm; xét nội dung, tính chất, mức độ, hậu quả các vi phạm; xét quá trình công tác, những đóng góp cho Quân chủng Hải quân, cho Quân đội và đất nước của ông Nguyễn Văn Hiến, Bộ Chính trị quyết định thi hành kỷ luật ông Hiến bằng hình thức Cách chức các chức vụ: Ủy viên Đảng ủy Quân sự Trung ương nhiệm kỳ 2005 - 2010; Ủy viên Ban Chấp hành Đảng bộ Quân chủng Hải quân nhiệm kỳ 2005 - 2010 (gồm Phó Bí thư Đảng uỷ, Ủy viên Ban Thường vụ Đảng ủy và Ủy viên Ban Chấp hành Đảng bộ Quân chủng Hải quân nhiệm kỳ 2005 - 2010).

Đồng thời, Bộ Chính trị yêu cầu cấp có thẩm quyền xử lý kỷ luật về chính quyền đối với ông Nguyễn Văn Hiến tương ứng với kỷ luật đảng theo quy định.

Tại kỳ họp thứ 36, Ủy ban Kiểm tra Trung ương đã họp đề nghị Bộ Chính trị, Ban Bí thư xem xét, thi hành kỷ luật đối với ông Nguyễn Văn Hiến. Theo đó, trong thời gian giữ cương vị Phó Bí thư Đảng ủy, Tư lệnh Quân chủng Hải quân, ông Hiến cùng phải chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng ủy; chịu trách nhiệm chính về những vi phạm, khuyết điểm của Quân chủng và trách nhiệm cá nhân trong công tác quản lý, sử dụng đất quốc phòng.