Phù Yên có cánh đồng Mường Tấc rộng trên 1.600 ha, thuận lợi cho sản xuất lúa; tổng diện tích cây ăn quả 2.510 ha, chủ yếu là xoài, cam, quýt, chuối... Nâng cao chất lượng cây trồng, Phù Yên đã rà soát, khuyến khích hỗ trợ nông dân áp dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật, chăm sóc theo hướng tiêu chuẩn VietGAP, hữu cơ. Trong đó, đã xây dựng và triển khai thành công dự án hỗ trợ sản xuất lúa gạo theo hướng hữu cơ, liên kết chuỗi giá trị gắn với tiêu thụ sản phẩm trên địa bàn các xã vùng Huy với tổng diện tích hơn 520 ha. Sản phẩm gạo hữu cơ Phù Yên đăng ký nhãn mác, tem truy xuất nguồn gốc, nhật ký điện tử, cấp giấy chứng nhận chuyển đổi hữu cơ, khách hàng trong và ngoài tỉnh tin dùng..
Được dự án lựa chọn để thực hiện hỗ trợ hoạt động sản xuất và xây dựng thương hiệu “Gạo Phù Yên”, HTX Dịch vụ nông nghiệp Quang Huy, xã Quang Huy đã chuyển đổi dần diện tích trồng lúa từ phương pháp truyền thống sang trồng hữu cơ với tổng diện tích hơn 130 ha được cấp giấy chứng nhận. Bà Cầm Thị Ngân, Giám đốc HTX, cho biết: Tham gia dự án, các thành viên HTX được hỗ trợ kỹ thuật, phân bón; tập huấn quy trình kỹ thuật gieo trồng, sử dụng phân hữu cơ cho từng giai đoạn phát triển của cây lúa; sử dụng thuốc bảo vệ thực vật sinh học phòng trừ sâu bệnh và sử dụng nguồn nước sạch tưới tiêu... Việc trồng lúa theo hướng hữu cơ giúp HTX tạo ra sản phẩm gạo chất lượng cao, an toàn, người tiêu dùng ưa chuộng, làm gia tăng giá trị cho sản phẩm từ 20 đến 25% so với giá của gạo thông thường.
Bên cạnh đó, huyện Phù Yên đẩy mạnh xây dựng thương hiệu quýt ở xã Mường Cơi, cam Mường Thải, tỏi Gia Phù, chè cổ thụ Mường Do... Trong đó, cây quýt ngọt của bản Nghĩa Hưng, xã Mường Cơi, đã mang lại hiệu quả kinh tế cao cho người nông dân, thu nhập bình quân từ 100 - 300 triệu đồng/năm. Sản phẩm quýt Nghĩa Hưng được UBND tỉnh đánh giá xếp hạng chứng nhận sản phẩm 3 sao năm 2020, đến năm 2022 được vinh danh là sản phẩm nông nghiệp tiêu biểu của tỉnh.
Anh Nguyễn Văn Sử, Giám đốc HTX cây ăn quả có múi Nghĩa Hưng, xã Mường Cơi, cho biết: Được thành lập năm 2018 với 11 thành viên. Hiện nay, HTX có 27 ha cây ăn quả có múi, sản lượng từ 150-200 tấn/năm. HTX còn chú trọng tuyên truyền các thành viên sản xuất theo quy trình VietGAP, nâng cao chất lượng sản phẩm theo hướng sạch, an toàn, tăng thu nhập cho thành viên.
Xây dựng thương hiệu cho các sản phẩm đã khó, việc duy trì, phát triển các thương hiệu càng khó hơn. Vì vậy, việc quản lý, sử dụng nhãn hiệu đối với sản phẩm nông nghiệp được huyện Phù Yên đặc biệt quan tâm. Bà Bạc Cầm Thị Xiêng, Trưởng Phòng Nông nghiệp và PTNT huyện, cho biết: Việc canh tác theo hướng ứng dụng công nghệ cao, sản xuất nông nghiệp hữu cơ giúp nâng cao chất lượng, đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm, là điều kiện quan trọng để huyện Phù Yên quảng bá, mở rộng thị trường cho sản phẩm nông sản. Huyện đang tiếp tục tuyên truyền, vận động các HTX, nông dân tập trung sản xuất theo hướng nông nghiệp sạch, hữu cơ, sản xuất liên kết theo chuỗi giá trị gắn với bao tiêu sản phẩm. Bên cạnh đó, tổ chức tập huấn kỹ thuật, quy trình sản xuất theo tiêu chuẩn an toàn cho người dân.
Nâng cao chất lượng sản phẩm nông sản hàng hóa, gắn với xây dựng, phát triển thương hiệu các sản phẩm chủ lực, huyện Phù Yên phấn đấu đến năm 2025 sẽ hình thành 2 - 3 vùng nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao cho cây ăn quả có múi, lúa gạo, rau và chăn nuôi; phát triển trên 30 ha sử dụng hệ thống tưới tiết kiệm; thâm canh 600 ha lúa hữu cơ và theo hướng hữu cơ; trên 300 ha cam, bưởi, quýt trồng theo hướng hữu cơ... góp phần tăng năng suất, giá trị sản phẩm, tăng thu nhập cho người sản xuất.